Case1. 自分で作ったところで発生した場合

自分でopen関数などを書いた場合は対象のファイルがShift_JISであるかどうか確認します。
chardetで確認することができます

import chardet
with open(file, "rb") as f:
  result = chardet.detect(f.read())

1-1. ファイルがShift_JISでないならShift_JISに変換します。

with codecs.open(file, "r", "utf-8") as file:
    row_data = []
    for row in file:
       row_data.append(row)

with codecs.open(file, "w", "shift_jis") as file:
    for row in row_data:
        file.write(row)

1-2. ファイルをUTF-8で開きたい場合はencodingを付け足します。

f = open(file, encoding="utf-8")

そのうえでライブラリがopen関数などを読んでいる場合はシステムがどのエンコードを使っているかを確認します。

Case2. 依存しているライブラリから発生している場合

pythonで使っているデフォルトのエンコーディングがShift_JIS(CP932)になっており、基本のエンコーディングのUTF-8を読み込めなくなっている可能性があります。

以下のスクリプトを実行してみてください。

import os
import sys
import locale
print(os.environ.get("PYTHONIOENCODING"))
print(sys.getdefaultencoding())
print(sys.getfilesystemencoding())
print(sys.stdout.encoding)
print(locale.getpreferredencoding())

一つでも cp932 があるとそれが原因でファイルを読み込めない場合があります。

それぞれのケースで対処方法を見ていきます。

os.environ.get("PYTHONIOENCODING")でcp932が出た場合

sys.getdefaultencoding()でcp932が出た場合

以下で修正できます。

os.environ["PYTHONIOENCODING"] = "utf-8"

sys.getfilesystemencoding()でcp932が出た場合

あまりないと思いますが以下で直せます。

import sys
sys.getfilesystemencoding = lambda: 'UTF-8'

sys.stdout.encodingでcp932が出た場合

以下で修正できます。

sys.stdout.reconfigure(encoding='utf-8')

locale.getpreferredencoding()でcp932が出た場合

おそらく最もありえると思われるパターンです。
Windowsでのロケールを変更します。
以下が参考になります。

コントロールパネルより「地域」→「管理」から

「システムロケールの変更」を選んでください。

「ベータ：ワールドワイド言語サポートでUnicode UTF-8を使用」にチェックを入れます。

これで使われるロケールのエンコーディングがUTF-8になります。

別の対処法

Powershellで設定もできます。

New-ItemProperty -LiteralPath 'HKLM:\SYSTEM\CurrentControlSet\Control\Nls\CodePage' -Name 'ACP' -Value '65001' -PropertyType String -Force;
New-ItemProperty -LiteralPath 'HKLM:\SYSTEM\CurrentControlSet\Control\Nls\CodePage' -Name 'OEMCP' -Value '65001' -PropertyType String -Force;
New-ItemProperty -LiteralPath 'HKLM:\SYSTEM\CurrentControlSet\Control\Nls\CodePage' -Name 'MACCP' -Value '65001' -PropertyType String -Force;

戻すときは以下です。

New-ItemProperty -LiteralPath 'HKLM:\SYSTEM\CurrentControlSet\Control\Nls\CodePage' -Name 'ACP' -Value '932' -PropertyType String -Force;
New-ItemProperty -LiteralPath 'HKLM:\SYSTEM\CurrentControlSet\Control\Nls\CodePage' -Name 'OEMCP' -Value '932' -PropertyType String -Force;
New-ItemProperty -LiteralPath 'HKLM:\SYSTEM\CurrentControlSet\Control\Nls\CodePage' -Name 'MACCP' -Value '932' -PropertyType String -Force;

注釈:cp65001とは？

UTF-8の別名みたいです。

pythonでは以下のように出力されます。

import codecs
codecs.lookup('cp65001')

<codecs.CodecInfo object for encoding utf-8 at 0x1a62631cbe0>