このようなインデックスがあったとして

# id varchar(16) に対してのindex

CREATE INDEX test ON user(id);

これは varchar(16) で宣言されています。ですが、実態として中身が数値しか入っていなかったとします

mysql> select id from user;
+----------+
| id       |
+----------+
| 11111111 |
| 22222222 |
| 33333333 |
| 44444444 |
| 55555555 |
| 66666666 |
+----------+

これに対して、数値で検索をかけてしまうとインデックスは効きません。

select * from user where id in (22222222, 66666666);

文字列で定義されているため、暗黙の型変換が入りインデックスが外れます。文字列で指定してあげましょう。

select * from user where id in ('22222222', '66666666');

インデックスきいているはずなのに遅いなと思ったら要注意。