python-pptxのマニュアルにはない何気にニッチなスライドの削除は以下でできるはずです。
　スライドのリスト作成
　→プレゼンテーションとスライドとの関連削除
　→スライドの削除　という流れ

〜とスライド2枚目(ページ1)のスライド削除〜

※prs等を定義

xml_slides = prs.slides._sldIdLst
slides = list(xml_slides)

rId = prs.slides.sldIdLst[1].rId
prs.part.drop_rel(rId)

xml_slides.remove(slides[1])

※prs.save(prsのパス)

〜もしくは関数としてスライド2枚目(ページ1)のスライド削除〜

delete_slide(presentation, index)
xml_slides = presentation.slides._sldIdLst
slides = list(xml_slides)
rId = presentation.slides.sldIdLst[index].rId
presentation.part.drop_rel(rId)
xml_slides.remove(slides[index])

※prs等を定義

delete_slide(prs, 1)

※prs.save(prsのパス)

shiracamusさんありがとうございます😊