いつも忘れてしまうので、自分用にメモ
samtoolsをインストールし、PATHを通しておくと後々困らなくていいかも。
GTF → GFF3
gffread -E my.gtf -g my_genome.fasta -o- > my.gff3
#もしくは
gffread -E my.gtf -g my_genome.fasta -o my.gff3
※gene行の代わりにtranscripts行ができます。
※ゲノム配列のインデックスファイル(my_genome.fasta.fai)が必要ですが、samtoolsがインストールしてあれば勝手に作ってくれるので問題ないと思います
GFF3 → GTF
gffread -E my.gff3 -g my_genome.fasta -T -o- > my.gtf
#もしくは
gffread -E my.gff3 -g my_genome.fasta -T -o my.gtf
GFF3 → Exon・CDS・Protein sequences
gffread -E my.gff3 -g my_genome.fasta -w my_exons.fasta -x my_cds.fasta -y my_protein.fasta
もっと詳しいオプションが見たい！という方は
gffread -h
で確認できます。