以下のようなエラーがでたが、原因はデータベースのGUI閲覧ツール(DB Browser for SQLiteなど)で変更を保存前の操作が残っていたから。
$ rails db:migrate
rails aborted!
StandardError: An error has occurred, this and all later migrations canceled:
SQLite3::BusyException: database is locked
以下によると、SQLiteは同時に1つのプロセスからしかアクセスできないらしく、DB Browser がアクセスしてたからロックされてたということだそうだ。
https://stackoverflow.com/questions/5452662/rake-dbmigrate-is-throwing-busyexception-database-is-locked-exception