ここでいう「初めて」というのは、そのPCでのcocoapodの使用そのものが初めての場合、です。

症状

$ pod install
Setting up CocoaPods master repo

このまま微動だにしない。

原因

初めての$ pod installのときには、まずはじめに~/.cocoapods以下にSpecsのrepositoryをcloneしてきたりしています。
このcloneにものすごく時間がかかって、動かなくなっているように見えていたのが原因でした。

$ pod install --verbose
hironotadashiori-no-MacBook-Pro:UFO PITCHER masaori$ pod install --verbose
  Preparing

Setting up CocoaPods master repo

Cloning spec repo `master` from `https://github.com/CocoaPods/Specs.git` (branch `master`)
  $ /usr/bin/git clone https://github.com/CocoaPods/Specs.git master
  Cloning into 'master'...

(--verboseで何やってるか見られます)

対策

そのまま待てばいいです。
ただ、それだと不安が拭いきれないので、Specsレポジトリを先にcloneしてしまうという手を使って安心しました。

$ cd ~/.cocoapods/repos
$ git clone https://github.com/CocoaPods/Specs.git master
//... git cloneを直接叩くと進捗がよく見えて安心

$ cd path/to/your/ios/pj
$ pod install --verbose

結論

人々に不安を与えるようなUI設計は良くないです。