git ignore 原因 で検索するならば下記が役立つかも。
何がおきた
images/icons/file.png みたいなファイルをプロジェクトに追加しようとしたのに、$ git statusに表示されない。
ファイルは存在するが、下記のような状況
$ git add images/icons/file.png
The following paths are ignored by one of your .gitignore files: 
images/icons                          
Use -f if you really want to add them.                           
fatal: no files added
.gitignoreファイルの仕業だということはわかったが、プロジェクトのもグローバルのも該当しそうな記述がみつからない。
とりあえず$ git add -f すれば解決だが、今後同様のことが起きないとも限らない。
どうする
% git check-ignore -v images/icons                            
/Users/marutanm/.gitignore_global:33:Icon?       images/icons
$ git-check-ignoreで、原因判明。
gitignoreリポジトリからコピペしていた記述が古かったため、iconsディレクトリが丸ごとignore対象になっていた。