すでに生成済みのテーブルに対して処理がしたくてSQLAlchemyでリフレクションしたテーブルをセッション管理しようとした時に変にはまったので、まとめ。
結論的にはautomap_base()を使えばいいだけ。

尚、sclalchemyを全然理解できていないので、指摘歓迎。

前提条件

mac(OS X El Capitan バージョン 10.11.5）
python 2.7.9
MAMP
mysqlでデータベース、テーブル生成済み

ソースコード例

session.py

# -*- coding: utf-8 -*-
import sys
import sqlalchemy
from sqlalchemy.ext.automap import automap_base
from sqlalchemy.orm import sessionmaker

def main(sys_argv):
    # MAMP + Mysql-Python環境でのエンジン生成方法
    engine = sqlalchemy.create_engine(
        "mysql://user_name:password@localhost/db_name"
        + "?unix_socket=/Applications/MAMP/tmp/mysql/mysql.sock",
        echo=False)

    # セッション開始
    session = sessionmaker(bind=engine)()

    # mappedなinstanceをリフレクションを使った上で生成
    base = automap_base()
    base.prepare(engine, reflect=True)

    # 適当にやりたいことを
    # your_tableテーブルからdelete_flagが0なidを表示するなら
    your_table = base.classes.your_table
    result = session.query(your_table).filter(delete_flag == 0)
    for row in result:
        print row.id   

    # セッション終了
    session.close()

if __name__ == '__main__':
    main(sys.argv)