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CWLDay 23

AtomなどのエディタでCWLを書く

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Atom で CWL を書く話

CWL Advent Calendar 2017 - Qiita の、第23日目の話です。

が、先に公開しておきます。
本当は、最初の方で紹介するべきだとおもうのですが、
なぜかこの日になってしまいました。

Atom で、Common Workflow Language のファイルを編集するためのプラグインを幾つか作りました。

ハイライタ

キーワードをハイライトするようにしました。

language-cwl

見た目については、補完のところをみてください

息抜き

つい最近、以下のようなプラグインも公開されていました。

language-cwl-atom

自分のパッケージしかないだろうとおもって、atomでcwlと検索したところ見たことがないパッケージがでてきてすごくおどろきました。

こちらプラグインの作者方は、yamlのハイライタを元につ
くったようです。

結構よさそうなので、いくつか取り込んでみたいという話を作者のかたと GitterのCWLチャンネル で、しました。
ソースコードがすぐみれたり、コミュニケーションが比較的容易にとることもできるあたり、OSSのなかなか良い側面にふれたきがしています。

補完

Autocomplete-plus を使って作りました。

autocomplete

主な機能

  • キーワードの補完
  • Biocontainers のコンテナ(3000以上)を補完

息抜き

このアニメーションGifは、
Cockos Incorporated | LICEcap というソフトで作りました。

linter

schema_salad というツールを使うと CWL のファイルが正しいかをチェックできるので、この結果を使って、Atom上で、エラーがないかをチェックできるようにしました。

オプションとしては、schema_salad と、schema_salad で、使う定義ファイルを指定します。

emacs で、CWLを書く

Advent Calendar 9日目を参照

Visual Studio Code で、CWLを書く

ハイライタだけいまはあります

vscode-cwl - Visual Studio Marketplace

vim で、CWL を書く

ハイライタだけいまはあります

manabuishii/vim-cwl: CWL support in Vim