Atom で CWL を書く話
CWL Advent Calendar 2017 - Qiita の、第２３日目の話です。
が、先に公開しておきます。
本当は、最初の方で紹介するべきだとおもうのですが、
なぜかこの日になってしまいました。
Atom で、Common Workflow Language のファイルを編集するためのプラグインを幾つか作りました。
ハイライタ
キーワードをハイライトするようにしました。
息抜き
つい最近、以下のようなプラグインも公開されていました。
自分のパッケージしかないだろうとおもって、atomでcwlと検索したところ見たことがないパッケージがでてきてすごくおどろきました。
こちらプラグインの作者方は、yamlのハイライタを元につ
くったようです。
結構よさそうなので、いくつか取り込んでみたいという話を作者のかたと GitterのCWLチャンネル で、しました。
ソースコードがすぐみれたり、コミュニケーションが比較的容易にとることもできるあたり、OSSのなかなか良い側面にふれたきがしています。
補完
Autocomplete-plus を使って作りました。
主な機能
- キーワードの補完
- Biocontainers のコンテナ(3000以上)を補完
息抜き
このアニメーションGifは、
Cockos Incorporated | LICEcap というソフトで作りました。
linter
schema_salad というツールを使うと CWL のファイルが正しいかをチェックできるので、この結果を使って、Atom上で、エラーがないかをチェックできるようにしました。
オプションとしては、schema_salad と、schema_salad で、使う定義ファイルを指定します。
emacs で、CWLを書く
Advent Calendar 9日目を参照
Visual Studio Code で、CWLを書く
ハイライタだけいまはあります
vscode-cwl - Visual Studio Marketplace
vim で、CWL を書く
ハイライタだけいまはあります