CWL User Guide 14: Creating Files at Runtime

Common Workflow Language User Guide: Creating Files at Runtime

今回は、実行時点でファイルを作る方法、について書かれています

この回にでてくる主なキーワード

InitialWorkDirRequirement

CWLファイル、createfile.cwl

createfile.cwl

#!/usr/bin/env cwl-runner

class: CommandLineTool
cwlVersion: v1.0
baseCommand: ["cat", "example.conf"]

requirements:
  InitialWorkDirRequirement:
    listing:
      - entryname: example.conf
        entry: |
          CONFIGVAR=$(inputs.message)

inputs:
  message: string
outputs: []

パラメータファイル echo-job.yml

echo-job.yml

message: Hello world!

実行

実行方法

cwltool createfile.cwl echo-job.yml

実行結果

$ cwltool createfile.cwl echo-job.yml
/usr/local/bin/cwltool 1.0.20171107133715
Resolved 'createfile.cwl' to 'file:///home/vagrant/cwl_user_guide_work/14-runtime/createfile.cwl'
[job createfile.cwl] /tmp/tmp1eoDtO$ cat \
    example.conf
CONFIGVAR=Hello world![job createfile.cwl] completed success
{}
Final process status is success

今回使ったファイル

cwl_user_guide_work/14-runtime at master · manabuishii/cwl_user_guide_work