BioContainers のコンテナがどのように作られるか。メモ

追記 2020-12-05

公式のドキュメントPDF

BioContainers Documentation

上記ドキュメントより引用

BioContainers build the docker containers from two different sources the Dockerfile or Conda recipes . The BioContainers team first try to create a Conda recipe (if it is possible). If not possible, then a Dockerfile is created. The system
automatically builds the container after the pull request is merged into Conda github or BioContainer github
repos.

追記 2019-08-22

Bioconda にあるが、 Biocontainers にコンテナがないときは、以下を参照

• Biocontainersにない、Biocondaのツールを入れたコンテナを作る - Qiita

概要

BiocCntainers のコンテナがどのように作られるかのメモ
いつも忘れてしまうのと、新しくなるときがあるので、備忘録をまとめる

結論

Bioconda 側でつくっているようだ

調べたこと

BioContainers のドキュメントのページの

このあたりとか読むとよいかもしれない

BioContainers の spec

BioContainers/specs: BioContainers specifications

BioContainers のタグ

• 再現性の観点から、latestタグは、ないとのこと

Bioconda の FAQ

• FAQs — Bioconda documentation

ビルドシステムについて

2016年10月ごろからこのような形のようだ

• the new bioconda build system · Issue #2695 · bioconda/bioconda-recipes

ローカルでテストする方法について

以下の simulate-travis.py というのを使うとできるようだ

• bioconda-recipes/simulate-travis.py at master · bioconda/bioconda-recipes

gitter でみかけたこと。

• BioContainers は、再現性の観点から、docker(コンテナ)イメージに latest タグはない

追記 2019-06-19

推測では

• OpenWRT からつくられていて
• ビルドされたバイナリを、ADDで、いれているようなかんじ？
• Dockerfileはみあたらない

どのようにできているかは詳しく調べる必要がある

TODO

あとで、もう少し書きたい