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Biocontainersにない、Biocondaのツールを入れたコンテナを作る

Last updated at 2019-08-15Posted at 2019-08-15

概要

Biocontainers で探したがみつからない
しかし、 bioconda のパッケージは存在する場合は、わりと簡単にコンテナを作ることができる。

もととなる、biocontainersのコンテナを探してくる
BioContainers Community
https://biocontainers.pro/#/tools/biocontainers

docker pull biocontainers/biocontainers:v1.1.0_cv2

conda install -c conda-forge -c bioconda bustools==0.39.3--h4f7b962_0

これをコピーする

ただこれでうごかなかったので

conda install -c conda-forge -c bioconda bustools==0.39.3

Dockerfile

FROM biocontainers/biocontainers:v1.1.0_cv2
RUN conda install -c conda-forge -c bioconda bustools==0.39.3