概要
GalaxyProject の Galaxy の Docker stable の開発環境を整える
- bgruening/docker-galaxy-stable: Docker Images tracking the stable Galaxy releases.
- hub.docker.com: galaxy-stable
結論
いまのところ以下の方法で整えられそう。
サブモジュールを取得するまで
git clone https://github.com/bgruening/docker-galaxy-stable.git
cd docker-galaxy-stable/
git fetch
# git checkout -b dev origin/dev
git submodule init
git submodule update
追記 2016-11-30
最近最先端がdevではないようなので、ブランチの変更をしないようにした。
docker build してみる。
cd galaxy
docker build --no-cache -t manabu/docker-galaxy-stable:20160803 .
特定のブランチ、PRなどをテストしたい時
Dockerfileの88行目(2016-11-17現在の行数)
wget -q -O - $GALAXY_REPO/archive/$GALAXY_RELEASE.tar.gz | tar xzf - --strip-components=1 -C $GALAXY_ROOT && \
ここの、wgetのアドレスを変更する
特定のロールを最先端にしたい
それぞれのroles以下は、最初にとってきたとき、docker-galaxy-stableに
コミットされているバージョンまでしか取得してくれない。
修正を取り込みたいとき、たとえば、masterに修正があるときは、
更新したいroles以下のsubmodule(subproject?)に移動して、以下のコマンド
git checkout master
サブモジュールのレポジトリ
開発版(dev)
更新頻度の高いレポジトリ
更新頻度がそれほどでもないレポジトリ
- galaxyproject/ansible-postgresql: An Ansible role for managing a PostgreSQL (http://www.postgresql.org/) server
- afgane/galaxy-tools-playbook: A ready-to-use Ansible playbook for the Galaxy Tools role
参考
submodule 関連の操作は以下の場所を参考にした。