概要
--fastqc オプションがないと、正しくおわる
--fastqc オプションをとめると、処理が止まる。落ちるわけではない
結論
以下の解決策のとり方がある。
- biocontainers であれば、新しいバージョンがあるかを調べる。
- 同じバージョンでも、最後の番号が新しいとなおっているかもしれない
- なければ、自分でつくるか、他の人が作ったコンテナを探すという手がある。
なにか変更したら、期待通りに動くことを確認すること。
少ししかバージョンが変わっていなくても、出力がかわることがあるため。
参考
似たような問題で、biocontainersの特定バージョンの、picardで似たようなことがあった。
これも、少し新しいバージョンのものを使うことで解決した。
他のバージョンに解決済みだが、バージョンによっては、期待通りに動かないことがあったもの。
- fastp
- picard
- trim_galore