公式マニュアルのとおりといえばそれまでなのだけど、ちょっとハマったのでメモ。
ちなみに、試した環境はGCP環境（VMインスタンス）
このドキュメントの最初の方に
「Use The Bitnami HTTPS Configuration Tool」 という項目があるのだが
その下に
IMPORTANT: The Bitnami HTTPS Configuration Tool does not support configuring NGINX web servers yet. If you use NGINX, please follow the alternative approach section.
とあり、残念ながらNGINXでは使えないとのことなので
alternative approach の方で行う。
この alternative approach の Step-5が 証明書更新に関する手順なのだが
手順のコマンドをみると
sudo /opt/bitnami/ctlscript.sh stop
sudo /opt/bitnami/letsencrypt/lego --tls --email="EMAIL-ADDRESS" --domains="DOMAIN" --path="/opt/bitnami/letsencrypt" renew --days 90
sudo /opt/bitnami/ctlscript.sh start
とある。この ctlscript.sh stop が問題で、これは Bitnamiで管理しているサービススタック
（今回の場合、WordPress with NGINXなので、 nginx/php-fpm/mysql） の停止がかかってしまう。
※ちなみに、無停止で renewできないかとコマンド叩いてみたけどダメだった。
$ sudo /opt/bitnami/letsencrypt/lego --path="/opt/bitnami/letsencrypt" --tls --email="nobody@example.com" --domains=example.com --domains=www.example.com renew --days 90
2019/08/05 02:22:12 [INFO] [example.com] acme: Trying renewal with 141 hours remaining
2019/08/05 02:22:12 [INFO] [example.com, www.example.com] acme: Obtaining bundled SAN certificate
2019/08/05 02:22:14 [INFO] [example.com] AuthURL: https://acme-v02.api.letsencrypt.org/acme/authz/***********-**********-********************
2019/08/05 02:22:14 [INFO] [www.example.com] AuthURL: https://acme-v02.api.letsencrypt.org/acme/authz/***********-**********-********************
2019/08/05 02:22:14 [INFO] [example.com] acme: use tls-alpn-01 solver
2019/08/05 02:22:14 [INFO] [www.example.com] acme: use tls-alpn-01 solver
2019/08/05 02:22:14 [INFO] [example.com] acme: Trying to solve TLS-ALPN-01
2019/08/05 02:22:14 [INFO] [www.example.com] acme: Trying to solve TLS-ALPN-01
2019/08/05 02:22:14 acme: Error -> One or more domains had a problem:
[example.com] [example.com] acme: error presenting token: could not start HTTPS server for challenge -> listen tcp :443: bind: address already in use
[www.example.com] [www.example.com] acme: error presenting token: could not start HTTPS server for challenge -> listen tcp :443: bind: address already in use
できるだけ無停止（正確にはnginxの設定 reload）だけでいけないものかと
方法を探ったのだが、見つけられなかったので、観念してサービスダウン時間を許容してもらい、SSL証明書更新作業をすることにした。
Bitnami の公式マニュアルには、全サービス止める手順になっていたが
SSL証明書更新なので、nginxだけ止めれば大丈夫だろうと踏んで作業した。結果問題なく更新できた。
$ sudo /opt/bitnami/ctlscript.sh stop nginx
Unmonitored nginx
/opt/bitnami/nginx/scripts/ctl.sh : Nginx stopped
$ sudo /opt/bitnami/letsencrypt/lego --path="/opt/bitnami/letsencrypt" --tls --email="nobody@example.com" --domains=example.com --domains=www.example.com renew --days 90
2019/08/05 04:47:11 [INFO] [example.com] acme: Trying renewal with 139 hours remaining
2019/08/05 04:47:11 [INFO] [example.com, www.example.com] acme: Obtaining bundled SAN certificate
2019/08/05 04:47:12 [INFO] [example.com] AuthURL: https://acme-v02.api.letsencrypt.org/acme/authz/***********-**********-********************
2019/08/05 04:47:12 [INFO] [www.example.com] AuthURL: https://acme-v02.api.letsencrypt.org/acme/authz/***********-**********-********************
2019/08/05 04:47:12 [INFO] [www.example.com] acme: use tls-alpn-01 solver
2019/08/05 04:47:12 [INFO] [example.com] acme: use tls-alpn-01 solver
2019/08/05 04:47:12 [INFO] [www.example.com] acme: Trying to solve TLS-ALPN-01
2019/08/05 04:47:18 [INFO] [www.example.com] The server validated our request
2019/08/05 04:47:18 [INFO] [example.com] acme: Trying to solve TLS-ALPN-01
2019/08/05 04:47:25 [INFO] [example.com] The server validated our request
2019/08/05 04:47:25 [INFO] [example.com, www.example.com] acme: Validations succeeded; requesting certificates
2019/08/05 04:47:27 [INFO] [example.com] Server responded with a certificate.
$ sudo /opt/bitnami/ctlscript.sh start nginx
/opt/bitnami/nginx/scripts/ctl.sh : Nginx started
Monitored nginx
今回実行した3コマンドは、crontabしかけておけば、自動で実行できるので
1分程度のサービス断が許容される時間帯を確認して、自動化をしておく。
certbot 導入すれば、サービス断無くいけそうな気がするのだが
そこまで検証している余裕がなかったので、今回は公式ドキュメントの手順が良いだろうと判断した。
サービス断無しで（nginxの設定reloadだけで）、証明書更新する方法ご存知の方いたらご教示ください。