Rで画像処理を行うパッケージEBImage。外部のライブラリとかいろいろ使っててインストール時のコンパイルでエラーになってハマることがあるらしく、案の定ハマったのでメモ。

よく言及されてるImageMagickとかgtkとかは既に入ってたのでよしとして。

インストールはsudo Rと管理者で起動して、

source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("EBImage")

だが、やってみたらエラーになってインストールできない。

お題 : BioC 3.1ではlibfftw3-devが必要です

原因はというと、

install.packages(pkgs = doing, lib = lib, ...) で: 
installation of package ‘fftwtools’ had non-zero exit status

というわけで、fftwtools依存パッケージがインストールできないためらしい。
ググるとfftwなる外部ライブラリが必要のようで、debian系apt-getというわけで、

sudo apt-get install fftw-dev

してみるとインストールされたがやっぱりダメ。さらに調べるとfftwにバージョンがあるらしい。

参考:Question: Problems updating Bioconductor with R 3.2.0

EBImage has changed in BioC 3.1: now it depends on CRAN package fftwtools which requires libfftw3-dev to compile.

だそうで。インストールの出力をよ〜く見ると確かに、

gcc -std=gnu99 -I/usr/share/R/include -DNDEBUG      -fpic  -g -O2 -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g  -c fftwtools.c -o fftwtools.o
fftwtools.c:28:18: fatal error: fftw3.h: そのようなファイルやディレクトリはありません
 #include<fftw3.h>
                  ^
compilation terminated.
/usr/lib/R/etc/Makeconf:132: recipe for target 'fftwtools.o' failed

としっかりオコられておりました…。

sudo apt-get install fftw3-dev

でインストールしなおして無事EBImageできるようになりましたとさ。