Rで画像処理を行うパッケージEBImage。外部のライブラリとかいろいろ使っててインストール時のコンパイルでエラーになってハマることがあるらしく、案の定ハマったのでメモ。
よく言及されてるImageMagickとかgtkとかは既に入ってたのでよしとして。
インストールはsudo Rと管理者で起動して、
source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("EBImage")
だが、やってみたらエラーになってインストールできない。
お題 : BioC 3.1ではlibfftw3-devが必要です
原因はというと、
install.packages(pkgs = doing, lib = lib, ...) で:
installation of package ‘fftwtools’ had non-zero exit status
というわけで、fftwtools依存パッケージがインストールできないためらしい。
ググるとfftwなる外部ライブラリが必要のようで、debian系apt-getというわけで、
sudo apt-get install fftw-dev
してみるとインストールされたがやっぱりダメ。さらに調べるとfftwにバージョンがあるらしい。
EBImage has changed in BioC 3.1: now it depends on CRAN package fftwtools which requires libfftw3-dev to compile.
だそうで。インストールの出力をよ〜く見ると確かに、
gcc -std=gnu99 -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -fpic -g -O2 -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -c fftwtools.c -o fftwtools.o
fftwtools.c:28:18: fatal error: fftw3.h: そのようなファイルやディレクトリはありません
#include<fftw3.h>
^
compilation terminated.
/usr/lib/R/etc/Makeconf:132: recipe for target 'fftwtools.o' failed
としっかりオコられておりました…。
sudo apt-get install fftw3-dev
でインストールしなおして無事EBImageできるようになりましたとさ。