WSLにEnsembl Variant Effect Predictor (VEP) をインストールしてみた

Variant Effect Predictor (VEP)について

Variant Effect Predictor (VEP)は、ゲノムから得られたバリアントについて
アノテーションするためのソフトであり、ヨーロッパ分子生物学研究所の欧州バイオインフォマティクス研究所(EMBL-EBI）が開発しています。

インストール方法

VEPのインストール方法については、説明ページ を参照してください。
Dockerも提供されているので、これが便利かと思います。
この記事は、WSLにVEPをマニュアルでインストールした際に詰まったところを備忘録的に書いたものです。
まずは、WSLをインストールして起動してください。

マニュアルインストールに必要なライブラリの事前準備

ライブラリをインストールする前に、おまじない

sudo apt-get update 

次に、必要なライブラリとPerlのCPANモジュールをインストールします。
gcc, g++, make

sudo apt-get install build-essential 

Perl version 5.10 以上
　すでにPerl 5.30が入っていました。
次に、PerlのCPANモジュールをインストール

cpan App::cpanminus 

これでPerlモジュールをCPAN(モジュールの集積所)から取れるようになるので、
Archive::Zip, DBD::mysql, DBIの3つを以下のコマンドでインストールします。

 cpan Archive::Zip
 cpan DBD::mysql 
 cpan DBI 

自分の環境では、DBD::mysqlをインストールしたときに

'YAML' not installed, will not store persistent state
Configuring D/DV/DVEEDEN/DBD-mysql-4.050.tar.gz with Makefile.PL
Can't exec "mysql_config": No such file or directory at Makefile.PL line 89.

Cannot find the file 'mysql_config'! Your execution PATH doesn't seem
not contain the path to mysql_config. Resorting to guessed values!

とエラーが発生しました。　
YAMLとmysql_confgが無いと言っているので、
YAMLは

cpan YAML

と打って、インストールします。
mysql_configは このサイトを参照して、
以下のコマンドでインストールできました。

sudo apt-get install libmysqlclient-dev 

その後、もう一度、
cpan DBD::mysql
とすると、先ほどエラーの出ていたインストールできました。

インストール

あとは、インストールのインストラクションに従って、

git clone https://github.com/Ensembl/ensembl-vep.git
cd ensembl-vep
perl INSTALL.pl

とします。この時、以下のメッセージが出ることがありますので、

ERROR: Unable to unpack file ./Bio/tmp/release-1-6-924.zip without Archive::Extract or tar/unzip/gzip

Archive::ExtractをCPANから取ってきます。

cpan Archive::Extract

この後、再度 INSTALL.plを実行したところ、

Attempting to install Bio::DB::HTS and htslib.
If this fails, try re-running with --NO_HTSLIB
bzlib.h, lzma.h library header(s) not found in /usr/include. Please install it and try again.
(or to skip Bio::DB::HTS/htslib install re-run with --NO_HTSLIB)

と出ましたので、 Bio::DB::HTSをインストールします。

cpan Bio::DB::HTS

でもって、

perl INSTALL.pl

とすると、HTSLibが無いというエラーが出るので、
このページを参照してHTSLibをインストールする、もしくは、HTSLibのインストールをあきらめて

perl INSTALL.pl  --NO_HTSLIB

としてインストールを進めてください。(HTSLibは、bgzipで圧縮されたFASTAファイルの読み取りの時間短縮に用いられるものですので、大量のバリアントデータをさばかない人には不要かと思います。)
HTSLibをインストールする際にも、XML::Parserなどでエラーが出ることがあるかもしれませんが、
都度、

cpan XML::Parser

とすることで不足しているモジュールをインストールすれば解決すると思います。

最後に

なんでDockerがあるのにマニュアルインストールをしているの？と聞かれそうですが、
Windows home買っちゃってDockerがうまく動かないんです（泣）