「キャラIDによるデータ管理」が理解できない人はブラウザバックでお願いします。
尚、ご理解いただけているとは思いますが、at your own riskです。
当方は一切の責任を負いません。

「理解はできないけれど、どうしてもセーブデータの移行がしたい」という方は、有志の方が公開されている下記スクリプトで行うとよいでしょう。
https://github.com/xNul/palworld-host-save-fix

なぜ書こうと思ったのか？

ネットを検索すれば数多くのセーブデータ移行方法が見つかるが、WindowsのSteamCMD版Palworldサーバーにおけるセーブデータの移行については記事が無い。
また専用サーバーやレンタルサーバーでの方法では移行出来なかったので、私が実際に行い移行に成功した方法を書いておくことにした。

下準備

移行先のWindowsマシンにSteamCMDをインストール

SteamCMDからPalworldのサーバーをインストール

login anonymous
force_install_dir "d:\pal-server"
app_update 2394010

サーバーを起動し、クライアントから接続＋新規キャラを作成する
サーバーを停止する

この時に作成した新規キャラのファイル名をメモしておく。

移行元のセーブデータ修正

有志が作ったセーブデータ変換ツールをダウンロード（要Python実行環境）
https://github.com/cheahjs/palworld-save-tools
移行元のLevel.savとキャラクターのsavファイルを上記ツールでjsonに変換する

不慮の事故を防ぐため、ファイルをどこかに一度退避して、退避先のファイルで変換しましょう
変換後のLevel.sav.jsonを開き、移行元のキャラデータのファイル名頭8文字の16進数を、上記下準備で作成した新規キャラの同8文字に置換する

この時、英字は小文字にしておくこと（9D5E2D92 -> 9d5e2d92）

jsonファイルが数百MBとなっているので、メモリ展開型テキストエディタで開かないとこの置換作業で詰む。
SubLime Textなら可能。VSCodeは「置換できません」となるので注意。

キャラで生産したテクノロジーやパルの所有権にキャラIDが記述されているため、この置換は1000個以上になる。
さらに複数人でサーバーを使っていた場合、この作業をキャラクターの人数分繰り返す必要がある。
コーヒーでも飲みながら気長にやりましょう。
同様にキャラデータのjsonファイル内のキャラIDも置換する（2か所）
再度変換ツールを使いjsonファイルをsavファイルに変換する

移行作業

移行元のPalWorldSettings.iniを移行先にコピーする
移行先のGameUserSettings.iniを開き、DedicatedServerNameを移行元のIDに置き換える
移行元のSaveGamesフォルダを移行先にコピーする
移行先のLevel.savを上記で編集したLevel.savに置き換える
編集したキャラクターファイルを移行先にコピーする。移行先にある移行元のキャラクターファイルは消しておく
サーバーを起動、接続しキャラ＆環境が移行出来ていることを確認する

以上になります。お疲れさまでした。

余談

おそらく、WindowsのSteamCMD版サーバーのバグか、Windows固有の問題かと推測される。 Linux版だとキャラデータを見て、既にある場合はそのIDを使用するが、Windows版は問答無用で新IDの取得からワールドを読み込んでいるようだ。なのでそのままコピーでは既存IDが使えず、どうやっても新IDのキャラクター作成になってしまっているのだろう。新IDなのでLevel.sav内に記述してあるワールド内の物（建物や捕獲済みのパル）は使用することができない。