自分でdesktopファイルを書いて登録したアプリなどがこうなることがあります↓

対処法
やることとしては、このアプリのクラス名を取得し、そのクラス名をdesktopファイルに明記します。
クラス名の取得
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調べたいアプリケーションを起動しておいてください。
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このコマンドを叩きます
$ xprop WM_CLASS
- するとコマンドが完了せずに待ちの状態に入りますので、この状態で該当のアプリケーションのウィンドウをクリックします
うまくいくと、↓のようにクラス名を出力します。
WM_CLASS(STRING) = "gravitdesigner", "GravitDesigner"
desktopファイルに登録
対象アプリのdesktopファイルを開き、
$ sudo vi /usr/share/applications/gravit-designer.desktop
↓の行を追加します
StartupWMClass=GravitDesigner
GravitDesigner がさっき調べたクラス名になります。
以上で改善するはずです!
ちなみに、このGravitDesignerというデザインソフトは、Adobe Illustratorからの乗り換え先として使っています。おすすめです。