macOS を Mojave (10.14) にアップデートして、C 拡張つきの gem をコンパイルしようとしたら stdio.h がないよってエラーがでた。
いろいろ調べたら、Xcode 10 から、デフォルトでは /usr/include にヘッダファイルを置いてくれないらしい。
/Library/Developer/CommandLineTools/Packages/macOS_SDK_headers_for_macOS_10.14.pkg を実行すると /usr/include にコピーしてくれるのでこれで解決した。