README.md の記述は古いものが混じっててよくわからない。noexec gem も入れる必要がありそう。
gem install noexec
gem install rubygems-bundler
# ~/.gemrc
custom_shebang: $env ruby_noexec_wrapper
gem regenerate_binstubs
↑これにより、gem でインストールされたコマンドの shebang が書き換えられる。
アンインストール時は
# ~/.gemrc
custom_shebang: $env ruby
gem regenerate_binstubs
で OK。