はじめに

とりあえずMac版のみです。（たぶん、Windows版も同じかな？）

デフォルトだとHogehoge.ccs（Cocos Studioプロジェクトファイル）と同じディレクトリにあるresディレクトリ下にpublishしてしまいます。

CocosStudioでpublishして即Cocos2d-x側に反映したいのでResourcesディレクトリに変更したいという感じです。

このパスの変更が、現在のバージョンではCocosStudio上では行えないようなので、コンフィグファイルを直接いじります。

変更手順

CocosStudioを一旦閉じます（終了時にコンフィグファイルを保存している挙動をしているので上書きされます）
ccsファイルとセットで作成される、cfgファイルを開いてPublishDirectoryに好きなディレクトリを指定します（resをResourcesに変更して保存）
CocosStudioを開いてもcfgが変更されないことを確認する

Hogehoge.cfg（変更前）

<Properties publishHasCocos2dxCode="False" publishIsUseCocosSourceCode="False" PublishDirectory="res" SolutionSize="640 * 960" />

Hogehoge.cfg（変更後）

<Properties publishHasCocos2dxCode="False" publishIsUseCocosSourceCode="False" PublishDirectory="Resources" SolutionSize="640 * 960" />

これで、いちいちpublish後にコピーする必要がなくなってとても楽です。

たぶん、次のバージョンとか？いずれCocosStudio上で変更できるように修正されるとは思いますが一応こんな感じでディレクトリ変更できます。