はじめに
共同開発でiOSライブラリをアップデートしようと思ったところ、PBXCp Errorが発生しビルドが通りませんでした。

こちらのファイルがないって言われています
やったこと
DerivedData の確認・削除
$ ls ~/Library/Developer/Xcode/DerivedData
...
SYBlinkAnimationKit-ber*************************
SYBlinkAnimationKit-bhx*************************
...
ビルド時に要求されているパスは、SYBlinkAnimationKit-bey*************************
なので、すであるものとは別でした。
(上記のDerivedDataは、Xcode 8, Xcode 9でそれぞれビルドを実行した際に生成されたものです。)
とりあえず、これらを削除して再度ビルドを実行してみましたが同じパス(DerivedData)が生成されるだけでした。
~/Library/Developer/Xcode/DerivedData
ごと削除するのも試しましたが、残念
DerivedDataについては以下を参考にしました
Copy Bundle Resources の確認
これらに従い、Build Phases > Copy Bundle Resources の赤くなっているファイルを削除しようと思いましたが、ありませんでした。

解決
Build Phases > Embed Frameworks にあるファイルを-で削除しました
これでビルドがうまく通りました!

参照先が手元に存在しないSYBlinkAnimationKit-bey*************************
であったのを解除したということでしょうか(あまり理解していません)