CustomEditorでPrefab modeでの選択時に何故かとれなかったので
Scene上のInstanceの場合
var assetPath = PrefabUtility.GetPrefabAssetPathOfNearestInstanceRoot(prefab)
Prefab Modeの場合
PrefabStageを取得してそこからとる
using UnityEditor.Experimental.SceneManagement;
var prefabStage = PrefabStageUtility.GetPrefabStage(prefab);
if (prefabStage != null)
{
var assetPath = prefabStage.prefabAssetPath
}