これは
Workflow Advent Calendar 2020
の1日目の記事になる。
タイトルのまんまで
@kojix2 さんの「The Biostar Handbook が面白すぎる件」
に対して思ったことを述べる。
biostarsは、バイオインフォマティックス領域のstackoverflowとでも言うべきQ&Aサイトです。バイオインフォマティックスでは、初心者向けの日本語の資料があまり多くはありません。そのような状況で、biostarsを検索すると親切な回答が掲載されていることが多く、非常に参考になりますね。実際に自分で質問してみたこともありますが、丁寧で良質な回答がつくことが多いのでとても便利です。
自分はこれまでbiostarsをまともに見たことが一度も無かった。
試しに「KEGG」「pathway」といったキーワードで検索してみたがそれらのヒット結果(回答)に惹かれるものは無かった。
分野によっては「丁寧で良質な回答がつく」のだろうか。
キーワードを書かずにざっと見るとBioconductorというwordがちらほら見えたがBioconductorに関することはbiostarsではなく https://support.bioconductor.org/ で質問した方がいい。
(Cytoscapeというwordは見かけなかった(検索まではしてない)が同じくbiostarsではなく https://groups.google.com/g/cytoscape-helpdesk で質問した方がいい。)
価格は非常に安くて、2500円とか、3500円とか、そのぐらいの値段です。学術書の値段を考えると、本当にお買い得の価格だと思います。
サンプルが「404 Error. File not found.」ばかりで見れないように思った。
なので買う前にお買い得そうかわからなかった。
(そして自分は買ってない。)
質量ともに、これほどまとまったバイオインフォマティックスの初心者向け日本語の資料は地球上に存在しないと言い切ってよいでしょう。
「質量ともに、これほどまとまった」か、また「バイオインフォマティックス」が何なのかが自分はわかってないが「初心者向け」だと https://datacarpentry.org/lessons/#genomics-workshop とかみたいなの方がよかったりしないだろうか。(ちなみに自分は配列無知。)
時間を無駄にしない方法が面白すぎる
さて、biostarハンドブックを買って一番おもしろかったのが、「時間を無駄にしない方法」という項目です。あまりにも面白かったので、どっかーの方面からお叱りが入るかも知れませんが引用したいと思います。
これは確かに「面白」がる必要があると思う。
各技術の利用が「時間を無駄にし」てしまってないかは気をつけたい。
「Dockerを必要とするソフトウェアはすべて、Dockerを必要としない、...、よりシンプルなソフトウェアに置き換えることができます。」ってこたないと思う。
がしかし、
「Docker無しでも済みそうって場合でも「とにかくDockerから」と言ってくれるな！」
、という感じには同意する。
たぶん怒りのソースは「使い方がわからない！」かと思う。
なので AnVIL/Terra (下記画像はYouTubeのリンクです。QiitaでYouTube埋め込みを実現する方法がわかりませんでした)
みたいなのから入ると「クラウドええやん！」になったりするかもしれない。
Workflow Advent Calendar 的にはこれが一番重要かと思う。
確かに自分が
- CWLを使用したほうがよいと思っただけ
- 利点を明確にすることができません
になってないか常に気をつける必要があると思う。
しかし、全てのツールは誰かの手によって作られたものです。単に盲信するのではなく、どこがダメなのかを知る。愛のある健全な批判的な精神でながめるというのは必要でしょう。
というか目的を忘れ、まず流行やソフトウェア名から入りがちなので気をつけたい。
以上。