LIF は Leica Image File の略で、複数の画像を1つのファイルに保存できるファイル形式である。主にLeica Microsystems社製の共焦点レーザー顕微鏡や蛍光顕微鏡で撮影した画像データの保存で使われている。このファイルを macOS で開きたい。
基本方針
Fiji のプラグインの Bio-Formats で開く。メニューバーから下記を選択する。
- Plugins -> Bio-Formats -> Bio-Formats Importer
問題と回避策
- まず ImageJ に Bio-Formats がインストールできない。Javaのエラーが出る。
- 普段は深掘りしてエラーを調べるが、JavaもImageJも守備範囲外で画像を開きたいだけなので回避策をとることにする。
Fijiのインストール
FijiはImageJに多くの便利なプラグインや拡張機能をあらかじめ同梱したパッケージである。ImageJとは違い、最初から多くのプラグインがインストールされている。
しかし、公式サイトでFiji最新版をダウンロードしても起動しない。理由はよくわからない。セキュリティの問題かもしれない。右クリックで起動して、システム設定 -> プライバシーとセキュリティから許可したが、それでも起動しなかった。（深掘りせず回避策を探す）
homebrew で Fiji をインストールする
homebrewのcaskからFijiをインストールすると、無事にfijiが起動した。
brew install fiji
Bio-Formats は最初から入っているので、
- Plugins -> Bio-Formats -> Bio-Formats Importer
でLIFファイルが開けるようになった。
複数のチャンネルが入っている場合は、Color mode で Colored を選択する。（しないと全部青色になる）
この記事は以上です。