Mysql5.6から、クライアントはreadlineではなく、libeditを使うようになりました。
その影響で、デフォルトのキーバインドが、以前のバージョンから変更されてます。
そのため、すると行頭まで削除されしまうようになりました。

libeditのキーバインドを設定するには、~/.inputrcでなく、~/.editrc に設定します。

~/.editrc

mysql:bind '^U' vi-kill-line-prev
mysql:bind '^W' ed-delete-prev-word

これで以前のバージョンと同じキーバインドになります。

参考

man 5 editrc