症状
displayをnoneとした要素の影がついたままになって残像が残ってしまっていた(Macのみの症状)
dom.style.display="none";
としましたが、


これは困りましたね(困惑)
調べてみるとすぐに解決できました。
解決方法
win = new BrowserWindow({
width: 1000,
height:880,
transparent:true,//ウィンドウ背景を透過
alwaysOnTop:true,//常に最前面
hasShadow:false,//残像が残らないようにする
frame:false,//枠の無いウィンドウ
webPreferences: {nodeIntegration: true}//nodeの機能つかうよ});
WindowオブジェクトのhasShadowというプロパティがデフォルトでtrueになっているのが原因で残像が現れています。
falseにすると残像がなくなります。やったね。
調べてみると、Macのみ存在するプロパティみたいです。