2015/9/18 追記
以下の方法はh2oがmrubyをバンドルするようになって使えません。
代わりにpure ruby(mruby)のみのmrbgemsならdeps配下に置くだけでOkです。
libmruby.pcファイルを作る
例えば、mruby-mrmagick組み込んだmrubyを使いたい場合。
予め、mruby-mrmagickを組み込んだmrubyを用意しておきます。
その後、以下の作業でh2oにそのmrubyを組み込めます。
以下の.pcファイルを用意する
prefix=/Users/kjunichi/local/src/mruby
exec_prefix=${prefix}
libdir=${exec_prefix}/build/host/lib/
includedir=${prefix}/include
Name: MRUBY-libmruby
Description: Mruby libraries
Version: 1.1.0
Libs: -L/usr/local/Cellar/imagemagick/6.9.1-1/lib -L${libdir} -lmruby -lMagick++-6.Q16 -lMagickWand-6.Q16 -lMagickCore-6.Q16 -lc++
Libs.private:
Cflags: -I${includedir}
prefixのパスや、Libsのライブラリの指定は各自で読み替えてください
（Libsの指定がすこし難しいかも。。。）
h2oをビルドする前におまじない（古）
export PKG_CONFIG_PATH=.:$PKG_CONFIG_PATH
以降は、通常の手順でOK。
もし、ビルドしていた場合は、make cleanなりで、全てのオブジェクトファイルを
消してから作業しないと、リンクでエラーが出る。
CMakeで学んだこと
PKG_CHECK_MODULES(MRUBY hoge)
って書いておくと、pkg-configで参照しているパス配下のhode.pcファイルの
存在チェックをして、見つかれば、それをビルド時に使ってくれるっぽい。