初めに
掲題の件、SDFやSMILESでケクレ構造式で与えた構造を、芳香環として判定してくれているのか、ふと疑問に思ったので実験した時のメモ。
環境
- Python 3.6
- RDKit 2018/9/2
- Jupyter Notebook
やったこと
まずはケクレ構造式でベンゼン環を書いて表示する。
from rdkit import Chem
from rdkit.Chem import AllChem, Draw, Descriptors, PandasTools
from rdkit.ML.Descriptors import MoleculeDescriptors
mol1 = Chem.MolFromSmiles("C1=CC=CC=C1")
Draw.MolToImage(mol1)
このMOLオブジェクトに対し、芳香環の数、再度SMILES化したものを出力
Descriptors.NumAromaticRings(mol1)
1
Chem.MolToSmiles(mol1)
'c1ccccc1'
おおう、芳香環として認識されているようだ。