初めに

掲題の件、SDFやSMILESでケクレ構造式で与えた構造を、芳香環として判定してくれているのか、ふと疑問に思ったので実験した時のメモ。

環境

Python 3.6
RDKit 2018/9/2
Jupyter Notebook

やったこと

まずはケクレ構造式でベンゼン環を書いて表示する。

from rdkit import Chem
from rdkit.Chem import AllChem, Draw, Descriptors, PandasTools
from rdkit.ML.Descriptors import MoleculeDescriptors

mol1 = Chem.MolFromSmiles("C1=CC=CC=C1")
Draw.MolToImage(mol1)

このMOLオブジェクトに対し、芳香環の数、再度SMILES化したものを出力

Descriptors.NumAromaticRings(mol1)
1
Chem.MolToSmiles(mol1)
'c1ccccc1'

おおう、芳香環として認識されているようだ。