環境

$ git branch -v
* master
  missingSymbolicLinks

masterブランチには正常なシンボリックリンクが残っていて、missingSymbolicLinksブランチではシンボリックリンクが消えているとします。

作業はUnix系OSで行います。

手順

$ find . -type l > symlinks
$ git checkout missingSymbolicLinks
$ cat symlinks | xargs git checkout master -- 
$ rm symlinks
$ git commit

概要は、

といった感じです。
findの結果を一度ファイルに書き出しているのがみっともないので、どなたか、もっといい方法を教えていただけたらと思います。