まとめ

セットアップ方式	レジストラ	設定単位	Root Domain (Zone Apex)	Primary DNS	ネームサーバー（NS レコード）	Plan	TLD
Cloudflare Registrar	Cloudflare	ドメイン	Yes	Yes	xxx.ns.cloudflare.com（カスタム可能）※外部ネームサーバーへの変更不可	All	一部のみ対応
Full Setup	Other	ドメイン	Yes	Yes	xxx.ns.cloudflare.com（カスタム可能）	All	All
Secondary DNS	Other	ドメイン	Yes	No	Primary: Other or Hidden Secondary: nsxxxx.secondary.cloudflare.com	Ent Only	All
Partial(CNAME) Setup	Other	レコード	No	-	Other	Biz or Ent	All

Cloudflare Registrar

こちらにまとめてありますので、参考にしてください。

参考：ドメインと名前解決およびドメインの運営の仕組みについて – Rainbow Engine

最もよく使われている標準的なセットアップになります。

参考：

Enterprise Plan 限定で利用できるセットアップ方式です。

さらにプロキシとしても使いたい場合は Secondary DNS Override 機能の有効化をリクエストしてください。

Cloudflare を Secondary DNS として使う - Qiita の記事にもまとめました。

Announcing Foundation DNS — Cloudflare’s new premium DNS offering

レコード単位で CNAME として末尾に cdn.cloudflare.net と付ける形のセットアップ方式です。

Business と Enterprise Plan で利用できます。