TL;DR

mkdir -p ~/.vim/ftdetect

cat <<EOF > ~/.vim/ftdetect/ruby.vim
au BufRead,BufNewFile Gemfile  set filetype=ruby
au BufRead,BufNewFile Rakefile set filetype=ruby
au BufRead,BufNewFile *.ru     set filetype=ruby
EOF

cat <<EOF > ~/.vim/ftdetect/perl.vim
au BufRead,BufNewFile cpanfile set filetype=perl
EOF

こんな感じで行けます。

Perl だと cpanfile ぐらいかなと思いますが、Ruby だと DSL ファイルなど、自動認識してくれないものが色々あるかもしれませんね。
modeline ¹ を記すという手もありますが、書きたくないという場合は、上のように所定のパスに設定を配置しておくと、filetype を適用してくれます ² 。

GitHub に置いている自分の dotfiles にも反映していますので、ご参考まで。

脚注