仕様変更ってほどでもないですが、2/5にpodspecがちょっと変わったみたいです。
CocoaPods経由でMagicalRecordをインストールしていて、かつMR_SHORTHANDを使って省略形でメソッド呼び出しするコードを書いている人は、Podfileを書き換える必要があるようです。
いままでは
pod 'MagicalRecord'
と書いていたところを、
pod 'MagicalRecord/Shorthand'
に書き換えます。
これでpod installした上で、XXX-Prefix.pchで今までどおり #define MR_SHORTHAND 1 とでも書いておけばOKです。
まあ以下の議論でもあるとおりMR_SHORTHANDはv3.0でdeprecatedになるらしく、今回のライブラリ分割は互換性を維持するための対処らしいので、MR_SHORTHANDを使っているひとは早めに移行しておいたほうがよさそうですね（俺氏）
https://github.com/CocoaPods/Specs/commit/9e7d7aa808ed19c4e6ea1e9647cd2a7668560886#commitcomment-5290889
https://github.com/CocoaPods/Specs/blob/master/MagicalRecord/2.2/MagicalRecord.podspec
メインのリポジトリのほうにはpodspecの変更が反映されてないのはどういうこと。。
https://github.com/magicalpanda/MagicalRecord/blob/develop/MagicalRecord.podspec