タイトルのとおりです。

結論から言うと，rmarkdown::yaml_front_matter関数で取得できます。

面倒なので，以下の記事にあるyamlフロントマターを持ったファイル(yaml_front_matter_list.Rmd)があるとします(ファイルの内容は文末に記載):

R Markdownのhtml_documentで指定できるyamlヘッダ項目について - Qiita

これを上記の関数に通します:

yfm <- rmarkdown::yaml_front_matter("yaml_front_matter_list.Rmd")
str(yfm)

## List of 9
##  $ title       : chr "タイトル"
##  $ subtitle    : chr "サブタイトル"
##  $ title-prefix: chr "タイトルプリフィックス"
##  $ pagetitle   : chr "ページタイトル"
##  $ author      : chr "オーサー"
##  $ author-meta : chr "オーサーメタ"
##  $ date        : chr "2017/01/17"
##  $ abstract    : chr "このドキュメントのアブストラクト。"
##  $ output      :List of 1
##   ..$ html_document:List of 25
##   .. ..$ toc               : logi FALSE
##   .. ..$ toc_depth         : int 2
##   .. ..$ toc_float         : logi FALSE
##   .. ..$ number_sections   : logi FALSE
##   .. ..$ fig_width         : int 7
##   .. ..$ fig_height        : int 5
##   .. ..$ fig_retina        : int 2
##   .. ..$ fig_caption       : logi TRUE
##   .. ..$ dev               : chr "png"
##   .. ..$ df_print          : chr "default"
##   .. ..$ code_folding      : chr "show"
##   .. ..$ code_download     : logi FALSE
##   .. ..$ highlight         : chr "default"
##   .. ..$ mathjax           : chr "default"
##   .. ..$ smart             : logi TRUE
##   .. ..$ theme             : chr "default"
##   .. ..$ css               : NULL
##   .. ..$ templete          : chr "default"
##   .. ..$ include           :List of 3
##   .. .. ..$ :List of 1
##   .. .. .. ..$ in_header: NULL
##   .. .. ..$ :List of 1
##   .. .. .. ..$ before_body: NULL
##   .. .. ..$ :List of 1
##   .. .. .. ..$ after_body: NULL
##   .. ..$ extra_dependencies: NULL
##   .. ..$ lib_dir           : NULL
##   .. ..$ md_extentions     : NULL
##   .. ..$ pandoc_args       : NULL
##   .. ..$ keep_md           : logi FALSE
##   .. ..$ self_contained    : logi TRUE

こんな感じです。利用場面としては，自作テンプレなどでしょう。

Enjoy!

読み込ませたRmdファイル:

---
title: "タイトル" #ページのタイトルで，h1要素としてbodyに入ります
subtitle: "サブタイトル" #ページのサブタイトルで，h1.titleのすぐ下にh2として入ります
title-prefix: "タイトルプリフィックス" #ウィンドウ上部枠に出てくるページ名タイトルの前に入ってきます
pagetitle: "ページタイトル"  #ウィンドウ上部枠に出てくるページ名タイトルです
author: "オーサー"  #著者で，複数名の時は'c("kosaki", "chitoge")'とすればOK
author-meta: "オーサーメタ"  #head要素のmeta情報に書き込まれます
date: "2017/01/17"  #日付です。決め打ちでもいいですし，rのコードでやる方法も
abstract: "このドキュメントのアブストラクト。" #本文のすぐ上にアブストラクトとして差し込まれます
output:
  html_document:
    # tocまわり
    toc: FALSE  #toc(table of contents)を自動生成するかどうか。論理値。
    toc_depth: 2  #tocで拾う見出しレベルを指定。数値。
    toc_float: FALSE  #tocをページ冒頭ではなくサイドメニューとして浮かせて表示させるかどうか
    number_sections: FALSE  #見出しに通し番号をつけるかどうか
    # figまわり
    fig_width: 7  #図の大きさ。確かインチ
    fig_height: 5 #図の高さ。確かインチ
    fig_retina: 2 #retinaディスプレイに対応させていくかどうか
    fig_caption: TRUE #図にキャプションを付与していくかどうか
    dev: "png"  #グラフィックデバイスを指定。この場合png形式。
    # dfの処理
    df_print: "default" #data.frameを表示させる際，kableとかtiblleとかpagedを指定。
    # codeまわり
    code_folding: "show" #デフォ値はc("none", "show", "hide") #デフォルトでRコード部分を表示させるかどうか。
    code_download: FALSE  #Rmdソースコードをhtmlに埋め込んでDLできるようにするかどうか。論理値。
    highlight: "default"  #シンタックスハイライトのテーマを指定。
    # mathjax
    mathjax: "default"  #mathjaxをどう含めるか。
    # テーマ・書式まわり
    smart: TRUE #出力のタイポグラフィを変換するかどうか。ハイフンをem-dashesにするかなど。論理値。
    theme: "default"  #htmlのテーマを指定。NULLだとテーマ無し(プレーンなhtml)になる。
    css: NULL #カスタムなcssを指定。
    # ドキュメントまわり
    templete: "default" #(Pandoc用)htmlテンプレートを指定。
    include:  #ドキュメントにhtmlを差し込むかどうか。
      - in_header: NULL #<head>内に差し込む内容。htmlファイルを指定。通常はメタデータやjsコードなど
      - before_body: NULL #<body>の一番最初に差し込む内容。htmlファイルを指定。通常はheader的な要素など
      - after_body: NULL  #<body>の一番最後に差し込む内容。htmlファイルを指定。通常はfooter的な要素など
    # 拡張関連
    extra_dependencies: NULL  #新たに追加したいような要素や，拡張要素を指定。
    lib_dir: NULL #jqueryとか依存するHTMLライブラリをコピーするディレクトリを指定。デフォは(ファイル名)_filesってディレクトリへ。
    # 出力制御関連
    md_extentions: NULL #Pandoc Markdown拡張で追加するand/or削除する要素を指定
    pandoc_args: NULL #Pandocに送る引数を指定。
    keep_md: FALSE  #.mdファイルを残すかどうかを指定。論理値
    self_contained: TRUE  #jsやcss，画像データなどをbase64でhtmlファイルに埋め込み，単一ファイルにするかどうかを指定。論理値
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ほげほげ。