記事本文を加工・解析したい場合は the_content に対してフィルターをかけます。

優先度を設定せずに (デフォルト $priority = 10 ) ただ普通にかけた場合は、下記ファイル内に定義されているように、本文内のショートコードが展開される前に実行されてしまうので

wp-includes/default-filters.php

// Shortcodes
add_filter( 'the_content', 'do_shortcode', 11 ); // AFTER wpautop()

展開後にフィルターをかけたい場合は

add_filter('the_content', 'the_content_after_filter', 12);

のように設定します。

ちなみに展開前にフィルターをかける前は

add_filter('the_content', 'the_content_before_filter', 10); // 第三引数は省略しても同じ

のように設定します。