pymysql.err.OperationalError: (1193, "Unknown system variable 'tx_isolation'")

sqlalchemy 利用時にMySQLに接続できなくなった場合

• sqlalchemyの再インストール

% pip uninstall sqlalchemy 
% pip install sqlalchemy 

MySQLのバージョンを5.x系から8.x系にあげた場合などに起こるようです。