1.VBE本体の.DLL(VBE7.dll) を書き換えることで標準で設定されているカラーの変更が可能

書き換えるには、VBEThemeColorEditor を使う
ここからVBEThemeColorEditorをDownloadして.exeを実行するとこのウィンドウが開く

1. ﾒﾆｭｰの[Theme][LOAD]から.xmlを読み込ませる。または1色ずつ変更していく
2. 色の設定ができたら[Apply theme to VBE.DLL] をクリックで書換えを実行

office2013
C:\Program Files\Common Files\microsoft shared\VBA\VBA7
office365
C:\Program Files (x86)\Microsoft Office\root\vfs\ProgramFilesCommonX86\Microsoft Shared\VBA\VBA7.1

3 あとは通常通りVBEでカラーを設定するだけ
レジストリから一括で設定も可能