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［Python］PyGMTをMacに入れた備忘録

Last updated at 2020-12-30Posted at 2019-05-12

##1. PyGMTとは
地球科学分野で定番の地図描写ソフトGMT(The General Mapping Tools)を、Pythonで使えるようにしたものです。
インストールに手間取ったので、備忘録として。

##2. 環境
macOS Mojave 10.14.4
Mac mini (2018)
クリーンインストール済

##3. PyGMTのインストールまでに必要なもの
Homebrew
Anaconda
GMT6

##4. HomebrewとAnacondaのインストール
こちらの記事を参照して、HomebrewのインストールとAnaconda環境の用意をした。Python(Anaconda)のインストールでは、

Python version 3系を使いたい方

を参照した。

##5. GMT6のインストール
Homebrewを使う。

ターミナルを開けて以下のように入力する。

Terminal

brew install gmt

これでGMT6のインストールはおしまいです。

(2020/12 追記。GMTのデフォルトのバージョンが6になったので、GMT6のインストールが楽になりました。以前の文章は参考までに残しておきます)

GMT中文社区（GMT中国語コミュニティ）の有志の方が、brewでインストール可能にするrbファイルを配布しているので、ありがたく利用させてもらいます。

~~gmt6.rb~~

~~をダウンロードする。~~

~~その後ターミナルを開き、gmt6.rbのあるディレクトリへ移動したら~~

Terminal

brew install --HEAD get6.rb

~~を実行する。~~
~~今回はマシンにGMT5が入っていなかったため、これだけでGMT6のインストールは終わり。~~

##6. PyGMTのインストール
Anacondaを使ってインストールする。
こちらのHPの手順で行い、特にエラーが出なければインストール成功。

しかし

Terminal

conda activate pygmt

を実行した時に、CommandNotFoundErrorが出現した時が厄介。

自分の場合は、.bash_profileが格納されているホームディレクトリへ移動し

Terminal

open .bash_profile

上の操作を実行して.bash_profileを開き、

TextEdit

. /Users/<ユーザー名>/.pyenv/versions/anaconda3-X.X.X/etc/profile.d/conda.sh
conda activate pygmt

この2行を追記後、忘れずターミナルを再起動した。
これでconda activateが実行できるようになった。

あとは同様にHPの指示に従えば、インストール完了。

HomebrewのインストールからpyenvでPythonのAnaconda環境構築までメモ
https://qiita.com/aical/items/2d066801a7464a676994

PyGMT for Windowsのインストールとテスト
https://estuarine.jp/2019/03/pygmt/

conda activate の CommandNotFoundError への対処方法
https://qiita.com/peaceiris/items/e41488096e765269c93c