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[Python]PyGMTをMacに入れた備忘録

1. PyGMTとは

地球科学分野で定番の地図描写ソフトGMT(The General Mapping Tools)を、Pythonで使えるようにしたものです。
インストールに手間取ったので、備忘録として。

2. 環境

macOS Mojave 10.14.4
Mac mini (2018)
クリーンインストール済

3. PyGMTのインストールまでに必要なもの

Homebrew
Anaconda
GMT6

4. HomebrewとAnacondaのインストール

こちらの記事を参照して、HomebrewのインストールとAnaconda環境の用意をした。Python(Anaconda)のインストールでは、

Python version 3系を使いたい方

を参照した。

5. GMT6のインストール

Homebrewを使う。

ターミナルを開けて以下のように入力する。

Terminal
brew install gmt

これでGMT6のインストールはおしまいです。

(2020/12 追記。GMTのデフォルトのバージョンが6になったので、GMT6のインストールが楽になりました。以前の文章は参考までに残しておきます)

GMT中文社区(GMT中国語コミュニティ)の有志の方が、brewでインストール可能にするrbファイルを配布しているので、ありがたく利用させてもらいます。

GMT中文社区HP内のGMT6 的安装: 正式推出前体验 GMT6へ移動する。
GMT6 的安装: 正式推出前体验 GMT6macOS平台項目にある

gmt6.rb

をダウンロードする。

その後ターミナルを開き、gmt6.rbのあるディレクトリへ移動したら

Terminal
brew install --HEAD get6.rb

を実行する。
今回はマシンにGMT5が入っていなかったため、これだけでGMT6のインストールは終わり。

6. PyGMTのインストール

Anacondaを使ってインストールする。
こちらのHPの手順で行い、特にエラーが出なければインストール成功。

しかし

Terminal
conda activate pygmt

を実行した時に、CommandNotFoundErrorが出現した時が厄介。

自分の場合は、.bash_profileが格納されているホームディレクトリへ移動し

Terminal
open .bash_profile

上の操作を実行して.bash_profileを開き、

TextEdit
. /Users/<ユーザー名>/.pyenv/versions/anaconda3-X.X.X/etc/profile.d/conda.sh
conda activate pygmt

この2行を追記後、忘れずターミナルを再起動した。
これでconda activateが実行できるようになった。

あとは同様にHPの指示に従えば、インストール完了。

7. 参照元

PyGMT:Installing
https://www.pygmt.org/dev/install.html

HomebrewのインストールからpyenvでPythonのAnaconda環境構築までメモ
https://qiita.com/aical/items/2d066801a7464a676994

GMT中文社区
https://gmt-china.org
GMT6 的安装: 正式推出前体验 GMT6
https://gmt-china.org/blog/install-gmt6/

PyGMT for Windowsのインストールとテスト
https://estuarine.jp/2019/03/pygmt/

conda activate の CommandNotFoundError への対処方法
https://qiita.com/peaceiris/items/e41488096e765269c93c

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