GMT中国語コミュニティさんのHPがやってることを殆ど引用させてもらいました。
https://gmt-china.org/blog/install-gmt6/

Homebrewを使って異なるバージョンのGMTを共存させた備忘録です。

##環境
Mac OS Mojave 10.14.5
Mac mini(2018)

##前提条件
Homebrewを導入済み
HomebrewでGMT6を入れているとする（ここ参照）
どうしても新たにGMT5系を導入したいとする

##GMT5系の導入方法
ターミナルで以下を実行します。
GMT6のリンクを外してから、GMT5をインストールするだけです。これでGMT5系が使えるようになります。

Terminal

$ brew unlink gmt6 
$ brew install gmt

これでTerminalからgmt --versionを入力してみましょう。GMT5系である旨が表示されるはずです。
GMT6に戻りたくなったら、Terminalから下記↓の操作を行ってください。

Terminal

$ brew unlink gmt 
$ brew link gmt6

またまたGMT5系を使いたくなったら、逆の操作を行えばOKです。

Terminal

$ brew unlink gmt6 
$ brew link gmt

##GMT4系の導入方法
GMT5系の時と殆ど同じですが、GMT4系をインストールした場合はPATHを通す必要があります。
前提条件はGMT5系の導入方法と同じく、HomebrewでGMT6が導入されている事とします。

まずはGMT6のリンクを切ってGMT4系を導入します。

Terminal

$ brew unlink gmt6 
$ brew install gmt@4

インストール自体は成功しますが、下記のような文が吐き出されます。

Terminal

gmt@4 is keg-only, which means it was not symlinked into /usr/local,
〜中略〜

If you need to have gmt@4 first in your PATH run:
  echo 'export PATH="/usr/local/opt/gmt@4/bin:$PATH"' >> ~/.bash_profile

パスを通せって事らしいので、最後の文章をTerminalにコピペしましょう。

Terminal

$ echo 'export PATH="/usr/local/opt/gmt@4/bin:$PATH"' >> ~/.bash_profile

$ source ~/.bash_profile  # この代わりにターミナル再起動でも良いです

これでGMT4系が使えるようになりました。gmt --versionを入力して確認してみましょう。

バージョンの切り替えはGMT5系の時と同様です。（gmt→gmt@4に読み替えてください）
ただしGMT4系を入れた状態だと、GMT4系のリンクを切ってGMT6にしてもgmt --versionで反映されませんでした。
まぁこの状態でもPygmt（GMT6が必要）が動いたので、様子見とします。