WSL2 Ubuntu 24.04 におけるIntel oneAPIとNetCDF-Fortranのインストール

Intel oneAPIのインストール

不要かもしれませんが，以下を実行しておきます．

sudo apt update
sudo apt -y install cmake pkg-config build-essential

aptでoneAPIの最新版をインストールします．2025年9月26日現在の公式ガイドに従います．GPUは使いません．
以下をまるごとターミナルへコピペし，Enterを押します．ハングアップしたように見えるのはrootのpassword入力待ち状態ですので，入力し，Enterを押します．

# download the key to system keyring
wget -O- https://apt.repos.intel.com/intel-gpg-keys/GPG-PUB-KEY-INTEL-SW-PRODUCTS.PUB \
| gpg --dearmor | sudo tee /usr/share/keyrings/oneapi-archive-keyring.gpg > /dev/null

# add signed entry to apt sources and configure the APT client to use Intel repository:
echo "deb [signed-by=/usr/share/keyrings/oneapi-archive-keyring.gpg] https://apt.repos.intel.com/oneapi all main" | sudo tee /etc/apt/sources.list.d/oneAPI.list

続けて，以下を一つずつターミナルにコピペしてEnterを押します．画面の指示に従って，Yの選択が必要です（デフォルトなので，Enterを押すだけです）．公式ガイド通りではうまくいきませんでした．

sudo apt update

sudo apt install -y curl ca-certificates gnupg

# 1) Fetch and install Intel oneAPI APT signing key to a dedicated keyring
#    (apt-key is deprecated; use a keyring under /usr/share/keyrings)
curl -fsSL https://apt.repos.intel.com/intel-gpg-keys/GPG-PUB-KEY-INTEL-SW-PRODUCTS.PUB \
| sudo gpg --dearmor -o /usr/share/keyrings/oneapi-archive-keyring.gpg

# 2) (Optional) Verify the key contains the keyid BAC6F0C353D04109
gpg --show-keys --with-fingerprint /usr/share/keyrings/oneapi-archive-keyring.gpg

# 3) Ensure the repo entry uses `signed-by=` and exists only once
echo "deb [signed-by=/usr/share/keyrings/oneapi-archive-keyring.gpg] https://apt.repos.intel.com/oneapi all main" \
| sudo tee /etc/apt/sources.list.d/oneAPI.list > /dev/null

# 4) Clear stale lists for this repo (just in case) and update
sudo rm -f /var/lib/apt/lists/apt.repos.intel.com_oneapi* || true
sudo apt update

sudo apt install intel-oneapi-base-toolkit

次にIntel® oneAPI Toolkitsをインストールします．
以下をまるごとターミナルにコピペしてEnterを押します．

# download the key to system keyring
wget -O- https://apt.repos.intel.com/intel-gpg-keys/GPG-PUB-KEY-INTEL-SW-PRODUCTS.PUB \
| gpg --dearmor | sudo tee /usr/share/keyrings/oneapi-archive-keyring.gpg > /dev/null

# add signed entry to apt sources and configure the APT client to use Intel repository:
echo "deb [signed-by=/usr/share/keyrings/oneapi-archive-keyring.gpg] https://apt.repos.intel.com/oneapi all main" | sudo tee /etc/apt/sources.list.d/oneAPI.list

以下を一つずつターミナルにコピペし，Enterを押します．画面の指示に従って，Yの選択が必要です（デフォルトなので，Enterを押すだけです）

sudo apt update

sudo apt install intel-oneapi-hpc-toolkit

ここでエラーが出たら，以下を実行します．

# 1) Create the missing temp subdir and make it writable
sudo mkdir -p /tmp/oneapi

sudo chmod 1777 /tmp/oneapi

# 2) Re-run configuration for any packages left half-configured
sudo dpkg --configure -a

# 3) (Optional) Explicitly re-run the affected postinst by reinstalling the package
sudo apt --reinstall install intel-oneapi-ishmem-devel-1.4 intel-oneapi-ishmem-devel intel-oneapi-ishmem-1.4

sudo apt install intel-oneapi-hpc-toolkit

以上でインストール完了です．oneAPIの環境を有効にするため，以下を実行します．ターミナル起動時に有効にするなら，~/.bashrc に追記します．

source /opt/intel/oneapi/setvars.sh

ifx --version で以下のように起動できれば成功です．

$ ifx --version
ifx (IFX) 2025.2.1 20250806
Copyright (C) 1985-2025 Intel Corporation. All rights reserved.

NetCDFのインストール

真面目にインストールするのは大変骨がおれるので，簡易な方法を採用します．

最初に以下を順番に実行し，C版のNetCDFをaptでインストールします．icxでコンパイルしなくても問題ないようです．

sudo apt update
sudo apt install hdf5-tools hdf5-helpers libhdf5-dev libhdf5-doc libhdf5-serial-dev
sudo apt install libnetcdf-dev

nc-config --all を実行して，以下のようになれば成功です．

$ nc-config --all

This netCDF 4.9.2 has been built with the following features:

  --cc            -> /usr/bin/cc
  --cflags        -> -I/usr/include -I/usr/include/hdf5/serial
  --libs          -> -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu/hdf5/serial -lnetcdf
  --static        -> -lhdf5_hl -lhdf5 -lcrypto -lcurl -lpthread -lsz -lz -ldl -lm -lxml2


  --has-dap          -> yes
  --has-dap2         -> yes
  --has-dap4         -> yes
  --has-nc2          -> yes
  --has-nc4          -> yes
  --has-hdf5         -> yes
...

さらに，ncdumpを使えるようにしましょう．

sudo apt install netcdf-bin

NetCDF-Fortranのインストール

準備が整ったので，NetCDF-FortranをoneAPIでビルドします．最初に以下の環境変数を設定します．

# Example: set HDF5 plugin path for this shell
export HDF5_PLUGIN_PATH="$(nc-config --plugindir)"

# 念のためランタイムローダにもパスを追加（必要なら）
export LD_LIBRARY_PATH="$(nc-config --libdir):$LD_LIBRARY_PATH"

また，man pageのインストールのため，以下の m4 もインストールしておきます．

sudo apt update
sudo apt install -y m4

~/Downloads で作業します．NetCDF-Fortranのソースコードを こちら で確認し，最新版を入手します．以下ではwgetで入手しました．バージョンは最新版に読み替えます．

cd ~/Downloads
wget https://downloads.unidata.ucar.edu/netcdf-fortran/4.6.2/netcdf-fortran-4.6.1.tar.gz
tar xf netcdf-fortran-4.6.2.tar.gz
cd netcdf-fortran-4.6.2

と言いたいところですが，以下の make check でエラーになりました．そこで，こちらのAssetsからversion 4.6.1のtar.gzをダウンロードしてコンパイルしました．以下はversion 4.6.1で表記しますが，4.6.2でうまくいくようになれば，読み替えます．

エディタで以下の内容のテキストファイル config-ifx-netcdff.sh をカレントディレクトリ（今の場合は，~/Downloads/netcdf-fortran-4.6.1）に作成します．最下行のバージョンはダウンロードしたソースコードに合わせます．

#!/bin/bash
# Building netcdf-fortran using oneAPI ifx
export CDFROOT="/usr"
export LD_LIBRARY_PATH="${CDFROOT}/lib:${LD_LIBRARY_PATH}"
export LDFLAGS="-L${CDFROOT}/lib -I${CDFROOT}/include"
#export OPTIM="-O2 -xHost -mcmodel=large -fPIC ${LDFLAGS}"
export OPTIM="-O2 -xHost -mcmodel=large -fPIC"
#
export CC=icx
export CXX=icpx
export FC=ifx
export F77=ifx
export F90=ifx
export CPP="icx -E -mcmodel=large"
export CXXCPP="icpx -E -mcmodel=large"
#export CPPFLAGS="-DNDEBUG -DpgiFortran ${LDFLAGS}"
export CPPFLAGS="-DNDEBUG"
#
export CFLAGS="${OPTIM}"
export CXXFLAGS="${OPTIM}"
export FCFLAGS="${OPTIM}"
export F77FLAGS="${OPTIM}"
export F90FLAGS="${OPTIM}"
#
# ./configure --prefix=/usr/local/netcdf-ifx/4.6.1 --enable-large-file-tests --with-pic
./configure \
  --prefix=/usr/local/netcdf-ifx/4.6.1 \
  --exec-prefix=/usr/local/netcdf-ifx/4.6.1 \
  --bindir=/usr/local/netcdf-ifx/4.6.1/bin \
  --enable-large-file-tests \
  --with-pic

config-ifx-netcdff.sh に実行権限を付与し，実行します．make check はテスト実行で，見にくいですが，緑で PASS: 2，赤で ERROR: 0 のようになっていれば成功です．

chmod a+x config-ifx-netcdff.sh
./config-ifx-netcdff.sh
make
make check
sudo make install

環境変数の設定

~/.bashrc に PATH と LD_LIBRARY_PATH を追記し，再ログインします．versionは実際のものに置き換えてください．

# NetCDF-Fortran using Intel oneAPI (ifx)
export PATH="/usr/local/netcdf-ifx/4.6.1/bin:$PATH"
export LD_LIBRARY_PATH="/usr/local/netcdf-ifx/4.6.1/lib:$LD_LIBRARY_PATH"

確認

nf-config --all を実行して以下のようになれば成功です．

$ nf-config --all

This netCDF-Fortran 4.6.1 has been built with the following features:

  --cc        -> icx
  --cflags    -> -I/usr/local/netcdf-ifx/4.6.1/include -DNDEBUG

  --fc        -> ifx
  --fflags    -> -I/usr/local/netcdf-ifx/4.6.1/include -I/usr/local/netcdf-ifx/4.6.1/include
  --flibs     -> -L/usr/local/netcdf-ifx/4.6.1/lib -lnetcdff -L/usr/lib -I/usr/include -lnetcdf -lnetcdf -lm
  --has-f90   ->
  --has-f03   -> yes

  --has-nc2   -> yes
  --has-nc4   -> yes

  --prefix    -> /usr/local/netcdf-ifx/4.6.1
  --includedir-> /usr/local/netcdf-ifx/4.6.1/include
  --version   -> netCDF-Fortran 4.6.1

注意： nf-config がインストールされなかったことがありました．原因不明ですが，ビルドしたディレクトリルートにnf-configが存在したので，手動でインストールしました．