例えばAjaxButtonに対して、ユーザがボタンを押したときにconfirmで確認ダイアログを出したときだけサブミットを実行したい、というときは、次のようにすれば実現出来ます。
ポイントはupdateAjaxAttributesメソッドのオーバーライドです。

SomePage.java

final IndicatingAjaxButton button = new IndicatingAjaxButton("deleter") {

    @Override
    protected void updateAjaxAttributes(final AjaxRequestAttributes pAttributes) {
        super.updateAjaxAttributes(pAttributes);
        final AjaxCallListener ajaxCallListener = new AjaxCallListener();
        ajaxCallListener.onPrecondition("return confirm('この操作は取り消せません！本当に削除してよろしいですか？');");
        pAttributes.getAjaxCallListeners().add(ajaxCallListener);
    }

    @Override
    protected void onSubmit(final AjaxRequestTarget pTarget, final Form<?> pForm) {
        // サブミットしたときの処理
        ...
    }
};

確認ダイアログを出すくらいの単純な処理なら、上記のように直接JavaScriptの実行コードを書いてもいいですが、もっと複雑な処理を実行する必要がある場合、別途JavaScriptの関数を作っておいて、そちらを呼び出すJavaScriptコードを書けばよいでしょう。