概要
Windows 上で PyMC3 が動作しないことがあります。
動作させるにはいくつかの方法がありますが、少なくとも以下の手順で正常にインストールすることに成功しました。
仮想環境の作成
PyMC3
の依存するパッケージ Theano
は、Python 3.4 以上 3.6 未満で動作します。
ここでは、 Python 3.5 の仮想環境を作成します。
コマンド プロンプトを起動します。
conda create --name py35 python=3.5
Theano のインストール
activate py35
conda install numpy scipy mkl-service libpython m2w64-toolchain nose sphinx git matplotlib jupyter
pip install --user git+https://github.com/Theano/Theano.git#egg=Theano
PyMC3 のインストール
pip install pymc3
PyMC3 の起動
Jupyter Notebook で試します。
Jupyter Notebook の起動前に環境変数を設定します。
set MKL_THREADING_LAYER=GNU
jupyter notebook
動作確認
Jupyter Notebook や Jupyter Lab を使用できる場合、
以下のコードを実行し正常にインストールができたかどうかを確認できます。
%matplotlib inline
import pymc3 as pm
import numpy as np
import matplotlib.pyplot as plt
# モデル定義とサンプリングを行います。
# インストールがうまくいっていない場合、
# サンプリング時にエラーが表示されます。
with pm.Model():
x = pm.Normal("x", mu=0, sd=1)
trace = pm.sample(1000)
# トレース プロットにグラフが表示されれば完了です。
plt.plot(trace['x'])
参考資料
- "ベイズ推論とMCMCのフリーソフト のサポートページ", 岩波データサイエンス ウェブサイト, https://sites.google.com/site/iwanamidatascience/vol1/support_tokushu
- "Unofficial Windows Binaries for Python Extension Packages", Christoph Gohlke, Laboratory for Fluorescence Dynamics, University of California, Irvine., https://www.lfd.uci.edu/~gohlke/pythonlibs/
- "Installing pymc3 on Windows machines",
Hans Olav Melberg, http://datahans.blogspot.jp/2016/04/installing-pymc3.html - "Installing Theano - Windows Installation Instructions", http://deeplearning.net/software/theano/install_windows.html