Windows
PyMC3

PyMC3 の Windows へのインストール

概要

Windows 上で PyMC3 が動作しないことがあります。
動作させるにはいくつかの方法がありますが、少なくとも以下の手順で正常にインストールすることに成功しました。

仮想環境の作成

PyMC3 の依存するパッケージ Theano は、Python 3.4 以上 3.6 未満で動作します。
ここでは、 Python 3.5 の仮想環境を作成します。
コマンド プロンプトを起動します。

conda create --name py35 python=3.5

Theano のインストール

activate py35
conda install numpy scipy mkl-service libpython m2w64-toolchain nose sphinx git matplotlib jupyter
pip install --user git+https://github.com/Theano/Theano.git#egg=Theano

PyMC3 のインストール

pip install pymc3

PyMC3 の起動

Jupyter Notebook で試します。
Jupyter Notebook の起動前に環境変数を設定します。

set MKL_THREADING_LAYER=GNU
jupyter notebook

動作確認

Jupyter Notebook や Jupyter Lab を使用できる場合、
以下のコードを実行し正常にインストールができたかどうかを確認できます。

%matplotlib inline
import pymc3 as pm
import numpy as np
import matplotlib.pyplot as plt

# モデル定義とサンプリングを行います。
# インストールがうまくいっていない場合、
# サンプリング時にエラーが表示されます。
with pm.Model():    
    x = pm.Normal("x", mu=0, sd=1)
    trace = pm.sample(1000)

# トレース プロットにグラフが表示されれば完了です。
plt.plot(trace['x'])

参考資料

  1. "ベイズ推論とMCMCのフリーソフト のサポートページ", 岩波データサイエンス ウェブサイト, https://sites.google.com/site/iwanamidatascience/vol1/support_tokushu
  2. "Unofficial Windows Binaries for Python Extension Packages", Christoph Gohlke, Laboratory for Fluorescence Dynamics, University of California, Irvine., https://www.lfd.uci.edu/~gohlke/pythonlibs/
  3. "Installing pymc3 on Windows machines", Hans Olav Melberg, http://datahans.blogspot.jp/2016/04/installing-pymc3.html
  4. "Installing Theano - Windows Installation Instructions", http://deeplearning.net/software/theano/install_windows.html