人柱シリーズその２。
※ その１ → Qiita: Bash on Ubuntu on Windows 上で PyMOL をインストールして起動したまでは良いものの分子を表示できなかった話
Bash on Ubuntu on Windows のインストール自体については その１ や 他記事 をご参照ください。
ちなみに、最新版でない GROMACS (v4.6) は apt-get でそのまま入るのでビルド作業は要りません。
下準備
基本的に 公式インストラクション の通りにやれば大丈夫です。
"CMake version 2.8.8 or later" を入れておけと書いてあるので入れます。
sudo apt-get install cmake
あと、make の段階で 「"makeinfo" が無い」 と怒られたので追加しました。
sudo apt-get install texinfo
※ texinfo に makeinfo が含まれているようです。
GROMACS の最新版ソースは 公式 からダウンロードしてください。
ビルド
公式インストラクション の通りにやるだけです。
オプション はお好みで。
tar xfz gromacs-5.x.x.tar.gz
cd gromacs-5.x.x
mkdir build
cd build
cmake .. -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON -DREGRESSIONTEST_DOWNLOAD=ON
make
make check
sudo make install
source /usr/local/gromacs/bin/GMXRC
make check で走る regressiontests も
大丈夫そう。
はい。
その他
Windows で GROMACS を動かす試み
産総研: 「GROMACSと連携ソフトウエアによる分子動力学計算 updated」
これは MinGW、tdm-gcc でビルドしてるっぽい。
GROMACSをVisual Studioでビルドする話
苦労したみたいです。
今後は Bash on Windows 上での実行も選択肢としてアリかもしれませんね。
現状 対応していない GPU は使えませんが。