Bash on Ubuntu on Windows 上で PyMOL をインストールして起動したまでは良いものの分子を表示できなかった話(2016 年 8 月上旬)

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    UNIX 系のソフトウェアが Windows 上でも動くと便利だよねということで1つ1つ人柱していこうのコーナー

    Bash on Ubuntu on Windows のインストール

    Windows 10 Anniversary Update をまず適用。
    2016 年 8 月上旬時点、まだ自動更新のほうには来ていなかったりするので、
    このへん から手動でダウンロードしてアプデかけましょう。
    ディスク空き容量が 20 GB 要求されるので空けますが、20 GB ギリギリだとダメのようで、23 GB くらい C ドライブに空けてあげるとうまくいきました。

    更新が済んだら、設定から開発者機能を有効化すれば bash が使えるようになります。
    参考 → Qiita: Bash on Ubuntu on Windowsをインストールしてみよう!

    PyMOL のインストール

    Ubuntu なので apt-get するだけです。

    sudo apt-get install pymol
    

    これで pymol コマンドが使えるようになりますが、ウィンドウシステムがないので立ち上がりません。

    Xming の導入

    PyMOL の GUI を表示するためにウィンドウシステムを入れます。

    Qiita: Bash on Ubuntu on Windows + XmingによるGUI
    この通りにやりましょう。

    Xming 自体は exe 形式インストーラーで Windows 側にインストールするものです。

    image

    起動した Xming は ↑ このように右下に隠れているかも。
    環境変数 DISPLAY を設定すれば OK。

    PyMOL 起動

    あとは pymol とコマンドを打てば

    image

    起動したヤッター!

    、、しかしながら試しに PDB ファイルをロードしてみると

    image

    こあだんぷ。

    PDB ファイルを開こうとするんじゃなくて PyMOL 内で低分子を作ろうとしても落ちてしまうので、
    オブジェクト描画自体がダメなのかもしれません。
    何が足りないのか気になるところですが、単に現状の Windows Subsystem for Linux の実装の限界なのかもしれないし今回これ以上深入りはしません。
    うまくやる方法があれば教えてください(丸投げ)

    PyMOL 自体は別に bash を介さなくても Windows 上にインストール可能なので、
    阪大蛋白研: PyMOL インストール (2016.06.22 更新)
    Ag++: PyMOL ver 1.6 インストール for Windows (2013.07)
    このへんを見てやれば大丈夫です。

    そのほか、Linux 上で PyMOL をビルドしたいなどとかいった方は
    Qiita:【作業メモ】CentOS 7 上で PyMOL をソースからビルド
    こちらなどをどうぞ。