UNIX 系のソフトウェアが Windows 上でも動くと便利だよねということで１つ１つ人柱していこうのコーナー

#Bash on Ubuntu on Windows のインストール
Windows 10 Anniversary Update をまず適用。
2016 年 8 月上旬時点、まだ自動更新のほうには来ていなかったりするので、
このへんから手動でダウンロードしてアプデかけましょう。
ディスク空き容量が 20 GB 要求されるので空けますが、20 GB ギリギリだとダメのようで、23 GB くらい C ドライブに空けてあげるとうまくいきました。

更新が済んだら、設定から開発者機能を有効化すれば bash が使えるようになります。
参考 → Qiita: Bash on Ubuntu on Windowsをインストールしてみよう！

#PyMOL のインストール
Ubuntu なので apt-get するだけです。

sudo apt-get install pymol

これで pymol コマンドが使えるようになりますが、ウィンドウシステムがないので立ち上がりません。

#Xming の導入

PyMOL の GUI を表示するためにウィンドウシステムを入れます。

Qiita: Bash on Ubuntu on Windows + XmingによるGUI
この通りにやりましょう。

Xming 自体は exe 形式インストーラーで Windows 側にインストールするものです。

起動した Xming は ↑ このように右下に隠れているかも。
環境変数 DISPLAY を設定すれば OK。

#PyMOL 起動

あとは pymol とコマンドを打てば

起動したヤッター！

、、しかしながら試しに PDB ファイルをロードしてみると

こあだんぷ。

PDB ファイルを開こうとするんじゃなくて PyMOL 内で低分子を作ろうとしても落ちてしまうので、
オブジェクト描画自体がダメなのかもしれません。
何が足りないのか気になるところですが、単に現状の Windows Subsystem for Linux の実装の限界なのかもしれないし今回これ以上深入りはしません。
うまくやる方法があれば教えてください（丸投げ）

PyMOL 自体は別に bash を介さなくても Windows 上にインストール可能なので、
阪大蛋白研: PyMOL インストール (2016.06.22 更新)
Ag++: PyMOL ver 1.6 インストール for Windows (2013.07)
このへんを見てやれば大丈夫です。

そのほか、Linux 上で PyMOL をビルドしたいなどとかいった方は
Qiita:【作業メモ】CentOS 7 上で PyMOL をソースからビルド
こちらなどをどうぞ。