UNIX 系のソフトウェアが Windows 上でも動くと便利だよねということで１つ１つ人柱していこうのコーナー
#Bash on Ubuntu on Windows のインストール
Windows 10 Anniversary Update をまず適用。
2016 年 8 月上旬時点、まだ自動更新のほうには来ていなかったりするので、
このへん から手動でダウンロードしてアプデかけましょう。
ディスク空き容量が 20 GB 要求されるので空けますが、20 GB ギリギリだとダメのようで、23 GB くらい C ドライブに空けてあげるとうまくいきました。
更新が済んだら、設定から開発者機能を有効化すれば bash が使えるようになります。
参考 → Qiita: Bash on Ubuntu on Windowsをインストールしてみよう！
#PyMOL のインストール
Ubuntu なので apt-get するだけです。
sudo apt-get install pymol
これで pymol コマンドが使えるようになりますが、ウィンドウシステムがないので立ち上がりません。
#Xming の導入
PyMOL の GUI を表示するためにウィンドウシステムを入れます。
Qiita: Bash on Ubuntu on Windows + XmingによるGUI
この通りにやりましょう。
Xming 自体は exe 形式インストーラーで Windows 側にインストールするものです。
起動した Xming は ↑ このように右下に隠れているかも。
環境変数 DISPLAY を設定すれば OK。
#PyMOL 起動
あとは pymol とコマンドを打てば
起動したヤッター！
、、しかしながら試しに PDB ファイルをロードしてみると
こあだんぷ。
PDB ファイルを開こうとするんじゃなくて PyMOL 内で低分子を作ろうとしても落ちてしまうので、
オブジェクト描画自体がダメなのかもしれません。
何が足りないのか気になるところですが、単に現状の Windows Subsystem for Linux の実装の限界なのかもしれないし今回これ以上深入りはしません。
うまくやる方法があれば教えてください（丸投げ）
PyMOL 自体は別に bash を介さなくても Windows 上にインストール可能なので、
阪大蛋白研: PyMOL インストール (2016.06.22 更新)
Ag++: PyMOL ver 1.6 インストール for Windows (2013.07)
このへんを見てやれば大丈夫です。
そのほか、Linux 上で PyMOL をビルドしたいなどとかいった方は
Qiita:【作業メモ】CentOS 7 上で PyMOL をソースからビルド
こちらなどをどうぞ。