pythonで3Dデータを描画するには以下のように書きます.
prot_3d.py
import matplotlib.pyplot as plt
from mpl_toolkits.mplot3d import Axes3D
fig = plt.figure()
ax = Axes3D(fig)
ax.set_xlabel("X")
ax.set_ylabel("Y")
ax.set_zlabel("Z")
ax.set_xlim(-300,300)
ax.set_ylim(-300,300)
ax.set_zlim(-200,200)
x = 0
y = 0
z = 0
ax.plot([x],[y],[z],marker="o",linestyle='None')
plt.show()